אף שרוב תוצרי הפסולת מומסים בשתן, מקצתם עלולים ליצור גבישים דמויי אבן. כ-80% מאבני הכליה הן אבני סידן-אוקסלט, שאר האבנים הם אבני סטרוויט, חומצת שתן, וציסטין. חסימה של חלק ממערכת השתן על-ידי האבן גורמת לכאב חמור בבטן או במפשעה, ועלולה לגרום לזיהום ועד כשל כלייתי.
הסימפטומים השכיחים הם: כאב עז בצידי הבטן או במפשעה (תלוי היכן האבן נתקעה). המטוריה בעקבות פציעת השופכן ע"י חוד האבן. שתן עכור. צריבה במתן שתן. חום מעל 38. דחיפות למתן שתן גם אם אין שתן. אם השופכן נחסם, הוא עלול להתרחב (hydroureter) ולגרום להתכווצויות שרירים כואבות מאוד, מצב המכונה עווית כלייתית (renal colic).
אבחון אבנים בכליות נעשה ע"י הקליניקה המתוארת, אישוש האבחנה ובדיקת מיקום האבן נעשה ע"י אחד מהבדיקות הבאות: US, סריקת CT, צילום רנטגן, או אורוגרפיה תוך ורידית (IVU).
